我校是国家教育部“人才培养模式创新实验区”和“特色专业点”建设高校。有中医学、中西医结合医学、中药学3个一级学科博士点，15个二级学科博士点，23个硕士点，3个博士后流动站，博士学位授予专业覆盖全部中医药学科。在2010年的全国博士后流动站评估中，中药学科被评为全国唯一的中药一级学科“优秀”流动站。有29个本、专科专业（方向），除中医学、中药学、中西医临床本科专业外，还设有护理学、营养学、康复治疗学、药学等专业。学校还有12个继续教育的本、专科专业。 学校已与14个国家和地区建立了科研、教学、医疗等合作关系。学校设有两个教育部备案的中外合作办学项目，分别是中英合作药学、中英合作护理学项目。

现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；国家重点学科数居全国中医院校第二、上海地方高校之首。有38个中管局重点学科，6个上海市重点学科（上海高校一流学科），5个上海市教委重点学科。有1个教育部工程研究中心， 3个教育部重点实验室，2个上海市重点实验室，7个中管局重点研究室，2个上海市高校E-研究院。在2009年的国家一级学科评估中，中药学一级学科排名全国第一，中医学一级学科排名全国第二；大学拥有国家教育部重点学科和国家重点学科数居全国中医院校第二，上海地方高校之首。

上海中医药大学坚持“不重其全，重其优；不重其大，重其特；不重其名，重其实”的办学理念，坚持“研究教学型、特色型、外向型”的办学定位，是一所专业特色鲜明、全国一流、世界闻名的中医药高等学府。